中华人民共和国和大韩民国为加强两国间科学技术合作, 于1992年9月30日在北京由中国政府代表-科学技术委员会主任宋建和韩国政府代表-科学技术部长官Jin，Zhen-xian（金镇玄）签署了《中华人民共和国和大韩民国政府间科学技术合作议定书》，其中包括两国间科学家交流、交换研究成果、举办研讨会、促进共同研究项目、组织科学技术联合委员会等合作方案。
根据中韩两国国家元首1994年3月在北京发表的联合声明的基本精神，于1994年10月在汉城由中国国家海洋局和韩国科学技术部签订了《中韩海洋科学技术合作谅解备忘录》，从而为中心成立提供了法律依据。
1995年5月12日在中国青岛，中华人民共和国国家海洋局代表杨文鹤和大韩民国科学技术部代表张相九签署了《关于设立中韩海洋科学共同研究中心的协议书》，同时举行了中心挂牌仪式，中心正式成立。 国家海洋局第一海洋研究所所长袁业立博士担任第一任中心主任（兼职），同年11月，在韩国海洋研究所召开的第一次管理委员会会议确认了袁业立所长担任中心主任，同时任命韩国海洋研究所责任研究员异舜吉博士担任中心副主任。
